Tekstgrundlaget for denne udgave af “Ontologien eller Kategoriernes System” er den bevarede del af Poul Martin Møllers eget manuskript suppleret med en afskrift i fremmed hånd for den resterende del af teksten. For vintersemestret 1837-38, der løb fra november til marts, havde Møller annonceret en forelæsningsrække kaldet “Ontologien eller Kategoriernes System”, som han imidlertid på grund af sin sygemelding og efterfølgende død 13. marts 1838 ikke nåede at afholde (se Kjøbenhavns Universitets Aarbog for 1838, udg. af H.P. Selmer, 1839, s. 87; jf. Kjøbenhavns Universitets Aarbog for 1837, udg. af H.P. Selmer, 1838, s. 86). Samtidig havde han arbejdet på en lærebog over samme emne. Fra hans egen hånd findes kun bevaret et fragment heraf i form af et hæfte mærket I (Det Kgl. Bibliotek, Collinske Samling 378, 4o). Hæftet omfatter et omslag og 38 paginerede sider og rummer Møllers indledning og begyndelsen af kapitel 1. Mellem s. 28 og 29, ved overgangen mellem indledning og første kapitel, findes et blankt blad uden paginering. På sidste side, s. 38, findes et notat af den senere udgiver F.C. Olsen med henvisning til et hæfte II, men dette og evt. følgende hæfter er ikke overleveret.

Ved den posthume udgivelse i Efterladte Skrifter, bd. 3, 1843, s. 331-350, valgte F.C. Olsen kun at bringe hvad der svarede til Møllers egenhændige del i det første hæfte. Olsen foretog rettelser i dette manuskript. Som trykmanuskript blev imidlertid benyttet en komplet afskrift i fremmed hånd (Det Kgl. Bibliotek, Ny Kgl. Samling 4000, 4o). Denne afskrift havde Olsen sat den på daværende tidspunkt teologistuderende Arboe Mahler til at udføre. Der findes bevaret en kvittering hvoraf det fremgår at han fik udbetalt 8 rigsdaler for ulejligheden: “For at afskrive 32 Ark af Poul [Møllers] Ontologi har jeg af S. T. Hr Over[lærer] Olsen modtaget 8rbdlr Sedler, [hvorfor] qvitteres. / Kjøbenhavn d 12te Jan: 1839 / Ærbød[igst] / Arboe Ma[hler].” (Det Kgl. Bibliotek, NKS 3998, 4o, Rektor F.C. Olsens arkiv, kps. 13; klammerne i citatet angiver lakuner i højre side af manuskriptet).

Afskriften omfatter 16 hæfter på hver 8 blade, hæfte 16 dog på 10 blade, i alt 268 beskrevne sider. På s. 53 (bl. 4.3v) i begyndelsen af afsnittet “B. Noget” har Olsen sat tre lodrette streger i teksten og noteret i marginen: “Længere sættes ikke af dette Manuscript.” (nedenunder har han noteret følgende: “NB her maatte indsættes af Hefte II Pag 18, dersom man vil gaae videre.”). Tilsvarende har han på manuskriptets første side i marginen givet flere anvisninger til sætteren, herunder at der skal standses på s. 53 ved de tre streger. Andre markeringer i afskriftens begyndelse, bl.a. sætterens angivelse på s. 15 af et sideskift i Efterladte Skrifter, viser også tydeligt at den har fungeret som trykmanuskript. Titlen “Ontologien eller Kategoriernes System” er suppleret af F.C. Olsen i afskriftens begyndelse. Han har derunder tilføjet “(Fragment.)”. Efter overskriften, som er dobbelt understreget, har han sat en asterisk *) og en anmærkning i marginen: “Saaledes betegner Forf. den foredragne Videnskab i Anmeldelsen af hans Forelæsninger over den i Vinterhalvaaret 1837. Udg.” Denne anmærkning blev trykt som en fodnote i Efterladte Skrifter (bd. 3, 1843, s. 334). Efter afhandlingens første ord, “Indledningen”, har han sat to asterisker **) og en anmærkning i marginen: “I Randen er her tilføiet: Bemærkning om en videnskabelig Begyndelses Gaadefuldhed. Udg.” Denne anmærkning blev dog efterfølgende slettet og indgik ikke i Efterladte Skrifter.

I et brev til biskop J.P. Mynster den 11. april 1838 skriver Rasmus Møller om sin søn at “hvad der forøger min Smerte, er at et Arbeide, han længe har havt under Hænder, og som jeg veed at have været sin Fuldendelse nær, er formodentlig tabt med ham; thi, ifølge et Brev fra min Stifsøn, Christian Winther, hvori han fortæller, at hans Broder, da han troede at fornæmme, at hans Sygdom vilde ende sig med Døden, kastede en stor Mængde af sine Manuskripter paa Ilden, maa sandsynligen Mskptet af hint større philosophiske Værk, som da ikke fandtes, være tilintetgjort.” (Poul Møller og hans Familie i Breve, udg. af Morten Borup, 1976, bd. 2, s. 132, brev nr. 179). Der kendes intet brev hvor Winther meddeler dette. Så meget er vist at der må have eksisteret et komplet manuskript i Møllers egen hånd da den foreliggende afskrift fandt sted.

Afskriftens sidste ord, overskriften “Tilbageblik”, viser at Møller ikke blev færdig med afhandlingen. Det samme gør nogle bemærkninger undervejs i den bevarede del af hans egenhændige manuskript, fx i indledningen s. 23: “NB dette Stykke kan maaskee meer udvikles især Forholdet mellem reen Tænkning og Erfaring” og s. 28: “Maaskee skal disse Reflexioner om den philosophiske Tænknings Formations Relativitet aldeles overspringes.” På s. 35 læses bemærkningen “(Tildeels skrevet under min Sygdom i dette Aar 1838 og begyndt under asthmatiske Anfald i Fjor, efterat et andet mislykket Udkast var casseret. Jeg kan ikke gjennemsee Indledningen, som der maaskee kan findes Mening i).”